外部ストレージに保存されているデータをバックアップすることはできません。
ポケットバックアップは端末内(ローカル)に実態のあるファイルがバックアップ対象です。
外部ストレージに保存されているデータをバックアップするためには、外部ストレージにあるバックアップしたいデータを端末にダウンロードした後にバックアップを実行してください。